Nario matmenys perduodami genetiskai

Siūloma, kad Epichloë spp. Filogenetinės analizės buvo atliktos naudojant maksimalų pilną heuristinės paieškos variantą, nustatytą atsitiktinės sekos papildymui, medžio bisection-reconnection TBR atšaką ir Multrees, su bootstrap replikacijų. Epichlo mcf panašių genų schemos pavaizduotos 2a pav.

Specifikacija Anotacija Horizontalusis genų perdavimas yra pripažįstamas svarbiu genomo evoliucijos veiksniu, ypač kai naujai įgytas genas suteikia naujus gebėjimus recipiento rūšims. Mes nustatėme geną, panašų į vikšrų floppy mcf1 ir mcf2 vabzdžių toksinų genus Photorhabdus, nematodų bakterinių simbionų, Epichloe grybų genomų, kurie yra žolių tarpląsteliniai simbionai. Epichloë spp. Mcf panašus genas yra visose šiuo metu prieinamose Epichloë genomo sekose, bet be kitų grybų genomų.

Siekiant įvertinti HGT įvykio laiką prieš 7, 2—58, 8 mln.

Gydyk atsakingai: Algirdas Utkus

Mcf tipo kodavimo seka iš Epichloë typhina subsp. Šie rezultatai rodo, kad Epichloë mcf panašūs genai gali būti ne tik grybelinių alkaloidų, bet ir Epichloe infekuotų žolių atsparumo vabzdžiams komponentas. Įvadas Horizontalus genų perdavimas HGT tarp rūšių yra gerai žinomas kaip svarbus genomo evoliucijos veiksnys 1, 2.

Tarp eukariotų, grybelių chitino ląstelių sienelė yra laikoma struktūrine kliūtimi, kuri greičiausiai sumažina HGT dažnį, tačiau netgi yra daug HGT atvejų grybuose 3.

Dauguma tokių atvejų yra iš prokariotų, tačiau yra keletas užfiksuotų grybų grybų. Sistemingai tiriant 60 grybų genomų, atstovaujančių keturiems phyla, 53 genuose buvo aptikta prokariotinės kilmės genų 4.

Pagrindinis straipsnis — Japonijos istorija. Manoma, kad pirmieji Japonijos gyventojai buvo ainu ir malazijiečių — polineziečių protėviai, kurių dalis jūrų keliu persikėlė į Šiaurės Ameriką.

Richards et al. Perduotų DNR kiekis svyruoja nuo atskirų genų iki antrinių metabolitų genų grupių ir netgi visoms chromosomoms 5. HGT įvykių Nario matmenys perduodami genetiskai į grybus taip pat yra gana įvairus. Pavyzdžiui, siūloma, kad bakterinis karbamido amidolazės genas būtų pernešamas į grybus prieš Pezizomycotina ir Saccharomycotina subfyla, maždaug prieš milijonų metų Mya 6.

Priešingai, virulentiško geno ToxA perkėlimas iš grybų patogeno Stagonospora nodorum į grybelį Pyrenophora tritici-repentis, dėl kurio buvo sukurtas naujas kviečių patogenas, buvo pasiūlytas mažiau nei prieš 75 metus 7. Čia mes pranešime apie bakterijų panašų vabzdžių toksino geno Nario matmenys perduodami genetiskai, todėl žolės Epichloe grybelio endofituose yra Photorhabdus luminescens Nario matmenys perduodami genetiskai, 9, 10 vikšrų floppy genai mcf1 ir mcf2.

Epichloë yra ekologiškai ir komerciškai svarbūs daugelio vėsioje sezono žolių rūšių 11, Grybai auga tarp augalų ląstelių aukščiau esančių augalų dalių 1 pav. Epichloe grybelinių endofitų infekcija dažnai sukelia atsparumą abiotiniams ir biotiniams įtempiams Geriausiai suprantamas endofitinės infekcijos poveikis žolės šeimininkams yra atsparumas vabzdžiams, kurį daugiausia lemia toksinių alkaloidų gamyba grybeliuose 14, Genas ekspresuojamas ir veikia E.

Grybelinės hiphės, augančios tarp augalų ląstelių, rodomos rodyklėmis.

Pilno dydžio vaizdas Rezultatai Epichloës genomuose aptinkamas vikšrinis diskas panašus į geną Neseniai pranešėme apie kiekybinę E. Stiprus šliaužiantis raudonieji eraičinai yra komerciškai svarbios žolės rūšys ir dažnai yra natūraliai užsikrėtę grybeline endofilija E.

Luminescens yra entomopatogeninių nematodų simbiotinė bakterija. Kai nematodai užkrečia jų vabzdžių šeimininką, bakterijos regurgituojamos į vabzdžių hemolimfą, kur jos išskiria kelis toksinus, kurie žudo vabzdžių šeimininką 10, Mcf1 genas buvo aptiktas Ph luminescens kosmidų klonų ekrane vabzdžių toksiškumui, o pavadinimas kilęs iš poveikio, pastebėto po to, kai normaliai netoksiški Escherichia coli, išreiškiantys geną, buvo švirkščiami į vikšrus 8.

Nustatyta, kad Mcf1 žudo vabzdžius skatindamas apoptozę per mitochondrijų kelią 20, Protegens FitD toksinas prisideda prie geriamojo bakterijų poveikio insekticidui Mcf2 veikimo būdas nežinomas 9. Eksonus žymi dėžutės ir intronai pagal eilutes.

Priimti tekstai - Antradienis, m. spalio 24 d.

Pilno dydžio vaizdas 13 Epichloë spp. Tačiau panašios sekos nerandamos nė vienoje iš šimtų ne Epichloe grybų genomo sekų, šiuo metu prieinamų NCBI. Mcf tipo genų unikalumas Epichloë linijoje rodo, kad tikėtina, jog atsirado bakterijų donoro HGT įvykis. Alternatyvus scenarijus, kai Epichloe mcf panašūs genai, kilę iš vertikalaus genų perdavimo, gali būti atmesti, nes tai reikštų, kad mcf panašus genas buvo prarastas visose grybų linijose, išskyrus Epichloë.

Epichlo mcf panašių genų schemos pavaizduotos 2a pav. Baltymų N-galo anotuota padėtis buvo kintama, tačiau dauguma jų buvo genai su ilgais atviro skaitymo rėmeliais, kuriuos nutraukė 2 intronai.

Naršymo meniu

Poa secunda subsp. Festucae rožių miesto izoliatasE. Abiem atvejais anotuotas pratęsimas gali būti priskirtas numatomo normalios kodavimo sekos pradžios vietos ištrynimui ir atvirų atvirų skaitymo rėmų atpažinimui kaip eksonams. Žymiai panašus į E. Epichloë mcf tipo koduojančios sekos buvo panašesnės nei Ph luminescens mcf2, tačiau bendras aminorūgščių identitetų skaičius persidengimo regione Nario matmenys perduodami genetiskai panašus tarp Epichloë sekų ir mcf1, mcf2 ir fitD 1 papildoma lentelė.

Beveik identiškas Epichloë sekos panašumas su visais trimis bakteriniais genais, taip pat preliminari filogenetinė analizė neleido nustatyti galimo donoro HGT įvykio metu aptarta toliau.

Kaip būdinga bakteriniams genams, mcf1, mcf2 ar fitD genuose nėra intronų, bet yra numatomi intronai Epichloë mcf tipo genuose. Toks intronų gavimas buvo aptiktas kituose bakterijų kilmės eukariotiniuose genuose 4, Identiškos introninės pozicijos skirtingų recipientų rūšių genuose rodo vieną HGT įvykį seniausiame giminės nario, vėliau vertikaliu paveldėjimu neseniai išsiskyrusiose rūšyse Visi Epichloe mcf panašūs genai turėjo geną genų 3 'regione identiškoje įterpimo vietoje, nors pačioje sekoje yra sekos variacijos.

Dauguma taip pat turėjo konservuotą 5 ' introną, išskyrus E. Be to, E. Dvi identiškos introninės pozicijos rodo, kad pradiniame horizontaliai perkeliamame mcf panašiame gene buvo vienas HGT įterpimas Nario matmenys perduodami genetiskai vienas intronų gavimo įvykis, kuris vėliau buvo vertikaliai paveldėtas per visą Epichloë. Norėdami padėti įvertinti mcf tipo genų HGT įvykio amžių Epichloe, mes atlikome tokią analizę.

Japonija – Vikipedija

Išsamioje apklausoje, kuri nustatė optimalius grybų genus, naudojamus filogenetinėms analizėms, šie dažniausiai naudojami genai nebuvo tarp geriausių Du naudingiausi genai buvo MCM7, minichromosomų palaikymo komplekso 30 subvienetas, ir TSR1, genas, reikalingas 40S ribosomų Nario matmenys perduodami genetiskai 31 sintezei.

MCM7 ir TSR1 yra naudingi grybelinių filogenijų, kurių sudėtyje yra platus taksonų 32, 33, 34 diapazonas. Ir Papildomas 1 pav. Papildomoje lentelėje 2. Siekiant palengvinti šių analizių lyginimą, introninės sekos buvo pašalintos ir naudojamos tik DNR koduojančios sekos. Metarizium anisopliae sekos buvo nustatytos kaip medžių šaknų grupės, Nario matmenys perduodami genetiskai M.

Visuose medžiuose dvi E. Kadangi ir E. Metarizium anisopliae sekos buvo paskirtos kaip išgrupė medžiui įveikti. Skaičiai mazguose yra bootstrap procentai, pagrįsti replikacijų. Medis buvo pagrįstas 2 simboliais, iš kurių 1 buvo pastovūs, kintamieji simboliai buvo parsimony uninformatyvūs, o kintamųjų simbolių buvo informatyvūs.

• Kaip padidinti puse nario
• Melynojo rinkinio dydis
• Nario dydis L xl

Pilno dydžio vaizdas Norint įvertinti HGT įvykio amžių, mes naudojome molekulinį laikrodžio metodą 36, panašų į tą, kuris buvo naudojamas įvertinti poliploidijos amžių Gossypium medvilnė 37, kukurūzų LTR-retrotransposonų 38 skirtumo laiką ir segmentinio dubliavimo amžių. Nustatyta kiekvieno geno koduojančios sekos Ks pakeitimai sinoniminėse vietose ir K pakaitalai neononiminėse vietosepalyginti Nario matmenys perduodami genetiskai A.

Šioje analizėje nebuvo įtraukta E. Iš kiekvieno geno Ks buvo apskaičiuotas kiekvienos geno sinoniminių vietų r skirtumo greitis 3 papildoma lentelė.

Apskaičiuoti kiekvieno geno išsiskyrimo koeficientai buvo naudojami apskaičiuoti skirtumo laiką T tarp Claviceps klado ir Epichloë klado, taip pat tarp E. Vidutinė apskaičiuota skirtumo trukmė tarp Claviceps klado ir Epichloë klado buvo 58, 8 Mya, o vidutinis skirtumas tarp E. Šie Nario matmenys perduodami genetiskai rodo, kad vienintelis mcf tipo genų įvedimas į Epichloë buvo kartais po Claviceps ir Epichloë kladų pasiskirstymo 58, 8 Mya ir prieš E.

Kaip aptarta aukščiau, bendras Epichloe Mcf panašių sekų panašumas į bakterinius baltymus buvo beveik toks pat 1 papildoma lentelė. Panašūs Mcf2 baltymai taip pat aptinkami Xenorhabdus spp. Didžiausia parazono filogenetinė bakterijų Mcf baltymų ir Epichloë mcf panašių baltymų analizė parodyta 4 pav. Vibrio tubiashii seka buvo parenkama medžiui šaknis, nes jos panašumas į epichloe sekas yra žymiai mažesnis nei Xenorhabdus, Photorhabdus ir Pseudomonas sekos.

Specifikacija Anotacija Horizontalusis genų perdavimas yra pripažįstamas svarbiu genomo evoliucijos veiksniu, ypač kai naujai įgytas genas suteikia naujus gebėjimus recipiento rūšims. Mes nustatėme geną, panašų į vikšrų floppy mcf1 ir mcf2 vabzdžių toksinų genus Photorhabdus, nematodų bakterinių simbionų, Epichloe grybų genomų, kurie yra žolių tarpląsteliniai simbionai. Epichloë spp. Mcf panašus genas yra visose šiuo metu prieinamose Epichloë genomo sekose, bet be kitų grybų genomų.

Panašūs medžiai buvo gauti naudojant kaimyninį sujungimą ir šaką bei susietus metodus papildomas 2 pav. Medžio generavimui naudojamas sekos derinimas parodytas papildomame 3 pav. Naudotų sekų prisijungimo numeriai pateikti 2 papildomoje lentelėje.

Vibrio tubiashii seka buvo paskirta kaip medžio šaknis. Medis buvo pagrįstas bendraisiais simboliais, iš kurių buvo Nario didinimo kursas, kintamieji simboliai buvo parsimony uninformatyvūs, o 1 kintamieji simboliai buvo informatyvūs. Pilno dydžio vaizdas Filogenetiniame medyje Mcf panašios sekos iš E. Mcf2 ir Photorhabdus spp.

Mcf baltymai, todėl neįmanoma hipotezės, kaip specifinis bakterinis donoras. Tokia filogenetinė padėtis rodo, kad bakterinis donoras gali būti nežinoma ar išnykusi bakterijų rūšis, Nario matmenys perduodami genetiskai su Xenorhabdus arba Photorhabdus spp. Palyginus daugelį Pseudomonas spp. Pseudomonas FitD sekų filogenetinis išdėstymas, taip pat bendras ilgis panašumas į Photorhabdus spp.

Epichloë mcf tipo geno išraiška ir aktyvumas E. Norint patvirtinti ekspresiją, mes amplifikavome ir sekvenavome mcf panašią cDNA iš Festuca rubra, užkrėstą E.

Ekspresijos lygis buvo labai mažas ir pareikalavo trijų PCR raundų, kad gautų pakankamai mėginių sekimui. Vienos bazės įterpimas buvo patvirtintas sekvenuojant tą E. Nors mcf panašus genas yra išreikštas E. Taip pat išanalizavome mcf tipo genų ekspresiją E. Išsiaiškinus amplifikuotos Nario matmenys perduodami genetiskai sekos analizę paaiškėjo, kad jis gali pagaminti pilno ilgio baltymą.

CDNS seka taip pat patvirtino dviejų anotuotų intronų pozicijas.

Introninės sekos buvo nustatytos genomo DNR sekvenavimu. Psa1-Mcf, veikiamas indukcijos sąlygomis. Rodyklė rodo indukuoto baltymo buvimą numatomu kD dydžio dydžiu.

Pilno dydžio vaizdas Kadangi mff panašus genas E. Poa Ps1 toliau vadinama E.